Bioinformatyka3.pdf

(1221 KB) Pobierz
Wykład monograficzny Bioinformatyka
Bioinformatyka
Wykład 3.
E. Banachowicz
Zakład Biofizyki Molekularnej
IF UAM
http://www.amu.edu.pl/~ewas
Bazy danych
Wykład 3, 2008
1
Wykład monograficzny Bioinformatyka
Niesekwencyjne BazyDanych
•
bibliograficzne
•
kliniczne
•
ścieżek metabolicznych i oddziaływania
między biocząsteczkami
•
struktur molekularnych
Większość jest „kroslinkowanych”i
dostepnych za pomocą zwykłych przeglądarek
Sekwencyjne Bazy Danych
•
sekwencji nukleotydowych
•
sekwencji białkowych
MetaBazy
Wykład 3, 2008
2
Wykład monograficzny Bioinformatyka
Inny podział BazDanych
Podział według [
Michael Y. Galperin ,
Nucleic Acids Research,
2008, Vol. 36, Database issue D2-D4, The Molecular Biology
Database Collection: 2008 update
]
•
Bazy Sekwencji nukleotydowych
–
International Nucleotide Sequence Database Collaboration
•
•
•
DDBJ - DNA Data Bank of Japan
EMBL Nucleotide Sequence Database
GenBank
–
–
–
Kodujących i nie-kodującyh DNA
Struktury Genów, Intronów i Egzonów, miejsc Splicingu
Miejsc regulatorowych transkrypcji i czynników transkrypcji
•
•
Bazy sekwencji RNA
Bazy sekwencji Białkowych
–
Ogólne bazy sekwencji
•
•
•
•
ExProt
NCBI Protein Database
PIR
Swiss-Prot
–
–
–
–
–
Własności białek
Lokalizacji białek
Sekwencji motywów i miejsc aktywnych w białkach
Domen białkowych, klasyfikacji białek
Indywidualne Bazy Rodzin Białkowych
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
Bazy Strukturalne
Bazy genomowe (organizmów nie-szkieletowych)
Bazy Ścieżek Sygnałowych i Metabolicznych
Bazy Genomowe Człowieka i innych organizmów szkieletowych
Bazy Ludzkich Genów i Chorób
Bazy Danych Mikromacierzowych i innych dotyczących Ekspresji Genów
Bazy zasobów proteomicznych
Inne Bazy Biologii Molekularnej
Bazy Organelli
Bazy roślin
Bazy Immunologiczne
Łącznie ponad 1300 różnych baz danych
.
Bibliograficzne bazy danych
PubMed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=pubmed )
Baza dostępna w Systemie Entrez I rozwijana przez NCBI (Narodowe Centrum
Informacji Biotechnologicznej) w NLM (Narodowej Bibliotece Medycznej)
Bookshelf (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/portal/query.fcgi?db=Books )
PMB (http://pmd.ddbj.nig.ac.jp/ ) – Protein Mutant Database,
Baza PMB oparta jest na publikacjach a nie na sekwencjach białkowych. Każda
mutacja białkowa znajdująca się w Bazie zwiazana jest z jednym artykułem
WormBook(http://www.wormbook.org/ ) – kolekcja rozdziałów związanych
tematycznie z
Caenorhabditis elegans.
W skład WormBooks wchodzi również
kolekcja metod i protokołów stosowanych w badaniach nad
C.elegans
–
WormMethods.
Wykład 3, 2008
3
Wykład monograficzny Bioinformatyka
Wykład 3, 2008
4
Wykład monograficzny Bioinformatyka
Kliniczne BazyDanych
OMIM (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM )
HGMD (http://www.hgmd.cf.ac.uk/ )
Human Gene Mutation Database
Baza Mutacji Genów Ludzkich w Instytucie Genetyki medycznej w Cardiff
Całkowity zbiór mutacji (17.03.2008) wynosi ok. 57301 dla niekomercyjnych
użytkowników, dla użytkowników komercyjnych 76011.
CFTR (http://www.genet.sickkids.on.ca/cftr/app )Baza poświęcona mutacjom
genu Cystic Fibrosis Transmembrane Regulator (CFTR). Mutacja w obrębie
tego genu prowadzi do mukowiscydozy.
LensGDDB Human Lens Genetic Disease Database
(http://ken.mitton.com/ern/lensbase.html )
I inne….
Wykład 3, 2008
5

Plik z chomika:

Inne pliki z tego folderu:

Inne foldery tego chomika:

Zgłoś jeśli naruszono regulamin