modmol3.pdf

(389 KB) Pobierz
Sprawozdanie nr 3
Beata Jantoń
Kinga Rusin
Dokładność wyników symulacji w funkcji długości kroku czasowego
Zad 3
wykres ΔEtot/ΔEkin w funkcji Δt
0,18
0,16
0,14
ΔEtot/Δekin
0,12
0,1
0,08
0,06
0,04
0,02
0
0
0,005
0,01
Δt
0,015
0,02
0,025
Serie1
Na powyższym wykresie dostrzegamy, iż ΔEtot/ΔEkin dla wszystkich Δt przyjmuje wartości
dodatnie. Ponadto ΔEtot/ΔEkin wzrasta wraz ze wzrostem Δt. Początkowo wzrost ten jest niewielki,
potem zaczyna być coraz szybszy. Wykres przypomina kształtem wykres wielomianu. Wartości
energii zaczynają wzrastać z czasem, gdyż wydłużamy czas obliczeń poszczególnego kroku.
Czas centralnego procesora (CPU time) w funkcji liczby atomów w układzie
Zad 6
Wykres czasu CPU (user) w funkcji N
0,25
0,2
czas CPU (user)
0,15
0,1
Serie1
0,05
0
0
200
400
600
N
800
1000
1200
Wykres zależności czasu CPU od N (liczby atomów) podobnie jak poprzedni, przypomina kształtem
wykres wielomianu. Ponadto czas CPU wzrasta wraz ze wzrostem wartości N ( liczby atomów).
Czas CPU w funkcji promienia obcięcia Rc (rcutf)
Zad 5
Wykres czasu CPU w funkcji promienia
obcięcia Rc (rcutf)
29
28
27
26
czas CPU
25
24
23
22
21
20
19
0
1
2
3
promień obcięcia Rc
4
5
6
Serie1
Na podstawie wykresu można stwierdzić , że czas CPU wzrasta wraz ze wzrostem promienia obcięcia.
Ten wzrost również jest podobny do zależności funkcji wielomianowych. W oparciu o przedstawiony
wykres możemy wywnioskować, iż dla większych promieni obcięcia czas potrzebny do obliczeń
dynamiki molekularnej jest większy. Jest to spowodowane wzrostem liczby atomów w obrębie
danego promienia.
Dokładność wyników w funkcji promienia obcięcia Rc (rcutf)
Zad 3
Wykres zależności ΔEtot/ΔEkin od Rc
1,8
1,7
1,6
ΔEtot/Δekin
1,5
1,4
1,3
1,2
1,1
1
0
1
2
3
promień obcięcia Rc
4
5
6
Serie1
Wykres zależności ΔEtot/ΔEpot od Rc
2,3
2,1
1,9
1,7
ΔEtot/ΔEpot
1,5
1,3
1,1
0,9
0,7
0,5
0
1
2
3
promień obcięcia Rc
4
5
6
Serie1
Zauważamy, że zarówno na pierwszym, jak i na drugim wykresie dla promienia obcięcia równego 2
wartość energii jest najmniejsza. Ponadto dla wcześniejszych wartości promienia wartości tej energii
bardzo dużo różnią się między dwoma poszczególnymi punktami. Odchylenia są więc zbyt duże. Dla
kolejnych – wyższych wartości promienia- widzimy, iż różnice energii pomiędzy poszczególnymi
punktami nie są już tak duże. Oznacza to, że układ zaczyna się stabilizować. Są to jednak tak małe
różnice, że trudno dopatrywać się w nich dużej dokładności odczytu. Z tego względu wartość
promienia obcięcia równa 2 jest najlepsza, gdyż energia zaczyna się już stabilizować, ale różnice nie
są jeszcze zbyt małe.

Plik z chomika:

Inne pliki z tego folderu:

Inne foldery tego chomika:

Zgłoś jeśli naruszono regulamin