L1-Cwiczenia(2).pdf

(192 KB) Pobierz

1. Z bazy danych PDB pobierz co najmniej dwa dowolne plik ze strukturą przestrzenną białka w

formacie pdb. Przy czym przynajmniej jeden z plików musi zawierad więcej niż jeden model ,

jeden przynajmniej musi mied długośd większą od 1000aa i jeden musi zawierad więcej niż

dwa łaocuchy . Proponuje użyd:

http://www.pdb.org/pdb/files/3GAU.pdb

2KYV.

Do pobrania plików można wykorzystad polecenie wget.

2. Zapoznaj się z formatem PDB poprzez otworzenie plików w edytorze tekstowym (np. w vi) i

poprzez zapoznanie się z jego specyfikacją:

http://www.wwpdb.org/documentation/format33/v3.3.html

Teraz zobacz jak wygląda numeracja aminokwasów w pliku: 2BB2 – szczególnie zwród uwagę

na numer aminokwasu dla atomu 1 i numer aminokwasu dla atomu 245.

3. Dla pobranego pliku PDB:

a. Zlicz liczbę wszystkich atomów (z pominięciem heteroatomów):

i. Wykorzystując do tego następujące polecenia: grep i wc. Całe polecenie

należy zapisad w pojedynczej linii

ii. Powtórz powyższe dwiczenie pisząc krótki skrypt w AWK.

b. Podaj liczbę modeli zapisanych w pojedynczym pliku. Jakich poleceo do tego

użyjesz?

c. Dla każdego modelu w pliku PDB wypisz identyfikatory poszczególnych łaocuchów

(każdy identyfikator tylko raz)wykorzystując do tego celu AWK i opcjonalnie

polecenie sort.

d. Zamieo w pliku wszystkie histydyny z his na hsd (to może się przydad, gdy będziesz

uruchamiad symulację np. w NAMD). Spróbuj użyd do tego sed-a lub m4 (albo AWK)

e. Wypisz sekwencję aminokwasową na podstawie rekordów ATOM w postaci notacji

jednoliterowej jako pojedynczy ciąg znaków. Dla przypomnienia:

alanine - ala - A , arginine - arg – R, asparagine - asn – N, aspartic acid - asp – D,

cysteine - cys – C, glutamine - gln - Q , glutamic acid - glu - E , glycine - gly – G,

histidine – his (hsd) - H, isoleucine - ile – I, leucine - leu – L, lysine - lys – K,

methionine - met – M, phenylalanine - phe – F, proline - pro – P, serine - ser – S,

threonine - thr – T, tryptophan - trp – W, tyrosine - tyr – Y, valine - val – V

Materiały pomocnicze:

http://www.ibm.com/developerworks/linux/library/l-bash/index.html

http://www.ibm.com/developerworks/linux/library/l-sed1/index.html

http://www.ibm.com/developerworks/linux/library/l-awk1/index.html

http://www.thegeekstuff.com/2009/03/15-practical-unix-grep-command-

examples/

pd-dok(2).pdf (17987 KB)
06_Struktura-norm(2).pdf (10166 KB)
odgadywanie.pdf (1383 KB)
00b49539caa3d60629000000(2).pdf (948 KB)
164-183-1-SM (1)(2).pdf (843 KB)