Bioinformatyka8.pdf

(1223 KB) Pobierz
Bioinformatyka
2008-04-28
Bioinformatyka
Wykład 8
E. Banachowicz
Zakład Biofizyki Molekularnej
IF UAM
http://www.amu.edu.pl/~ewas
1
Algorytmy
macierze
punktowe (DotPlot)
programowanie
dynamiczne
•
metody heurystyczne (BLAST, FASTA)
•
metody statystyczne (modele Markova,
statystyka Bayesa)
Rodzaje dopasowao
pokrycie
sekwencji
• globalne, lokalne
• liczba sekwencji porównywanych
– para (pairwise sequence alignment)
– więcej niż dwie (multiple sequences alignment)
2
Wykład 8, 2008
1
Bioinformatyka
2008-04-28
Zestawienia wielosekwencyjne
Multiple Sequence Alignment
3
Zestawienia wielosekwencyjne
Multiple Sequence Alignment
•
porównanie dwóch sekwencji
–
szukanie podobieostwa:
przeniesienie informacji o
strukturze i funkcji
(właściciel dwóch zegarków nigdy dokładnie nie wie,
która jest godzina)
•
porównanie wielu sekwencji?
–
znalezione podobieostwa mogą
byd bardziej istotne jeśli
występują w wielu sekwencjach
4
Wykład 8, 2008
2
Bioinformatyka
2008-04-28
Multiple Sequence Alignment
Kiedy?
•
Tylko z sekwencjami homologicznymi
Poco?
• wskazanie regionów podobnych, zróżnicowanych,
domen oraz funkcyjnie istotnych motywów
• poprawienie przewidywania; poprawienie błędów!
• tworzenie sekwencji konsensusowej (uzgodnionej),
odszukiwanie nowych motywów
Jak?
• Metody automatyczne: Clustal, MAGI
• półautomatyczne: Hidden Markov Models (HMM)
• analiza „ręczna”: Jalview, Cinema
5
MSA - Metody
• Clustal W, MAGI
http://www.ebi.ac.uk/clustalw/
(EBI)
http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_clustalw.html
(PBIL)
http://www.ch.embnet.org/software/ClustalW.html
(EMBnet-CH)
http://magi.plantgenomics.iastate.edu/blast/blast.html
(MAGI)
• półautomatyczne: Hidden Markov Models (HMM)
• Ręczna analiza zestawienia: Jalview, Cinema
CINEMA:
http://umber.sbs.man.ac.uk/dbbrowser/CINEMA2.1/
6
Wykład 8, 2008
3
Bioinformatyka
2008-04-28
hemoglobina, leghemoglobina i mioglobina
Wykład 8, 2008
4
Bioinformatyka
2008-04-28
Wykład 8, 2008
5

Plik z chomika:

Inne pliki z tego folderu:

Inne foldery tego chomika:

Zgłoś jeśli naruszono regulamin